南塔是藏经塔，石经纸经已是惊世骇俗，北塔则是罗汉塔，也让人叹为观止。
北塔金刚宝座是隋朝的，塔身则为辽代所建。北塔的特别之处是一座钟鼓楼式塔，将覆钵式，楼阁式塔和金刚宝座合为一体。这与我在蓟县看到的白塔十分相似，只是塔上有两层楼阁。塔基雕有数十位胡人舞蹈的形象。这是祭拜欢庆升天的场景，犹如戏剧一般，形象栩栩如生。我们常见到的佛塔很少有这些形象。塔下有谒语砖，每块上都有“诸法因缘生，我说是因缘。因缘尽故灭，我作如是说。”年修复时，专家在塔边找到块谒语砖，刚好将脱落损坏的部分修复，还多出一块。应了这因缘见佛之说。四座唐代小塔在四个角落，都有明确纪年。塔下面的佛龛中有精美的佛像。西北角的唐景云二年塔是北京最古老的塔。两边还有不少隋唐至清时的石碑和石刻经幢，雕刻十分精美。其中一通隋朝千佛碑，周身雕满千余佛龛佛像，非常罕见。
北塔下是三公塔，是清朝云居寺三位住持溟波、圆通和了尘法师的墓塔。
伽师殿旁有关佛教知识的图片展，是我见过最简洁介绍佛教展览，用十几分钟可以大致了解佛教知识。药师殿旁则是石经的历史。药师殿内两边是化身十二生肖形象的药师十二神叉，如来的护法，这形象在寺庙中不多见。弥陀殿内供奉明代紫铜佛造像，重达7.8吨。嘉庆的御碑就在殿前亭中。云居寺在去往清西陵的路上，乾隆和嘉庆都在云居寺驻跸过。不过酷爱题字作诗的乾隆虽然写过几首云居寺诗，却不知为何没在云居寺留下墨迹。倒是嘉庆对云居寺流露出些许留恋：“信马陟坡陀，回首林烟漠”。云居寺最高处是大悲殿。门前有两株银杏。一边是藏经阁，另一边则是佛祖舍利殿。
释迦摩尼圆寂后化作舍利，国内著名的法门寺佛指舍利和八大处灵光寺佛牙舍利。而云居寺舍利是世界仅存的肉身舍利，也称赤色肉舍利，是佛祖肌肉化成。据传云居寺佛舍利为阿育王所赠。隋文帝信奉佛教，得知静琬法师刻石经，将佛舍利交给静琬奉于雷音洞。明万历时，云居寺达观可禅师在雷音洞发现佛祖舍利石匣。只是今天佛祖舍利难得观瞻，在大悲殿的通道里可以看到照片。佛祖舍利殿中供奉的是房山天开塔的白色骨舍利，也是佛教徒顶礼膜拜的佛祖真身。
云居寺还有一口乾隆时造的舍粥大锅，直径达到2.3米，被称为千人锅。行宫前有一棵连心树，柏树和椿树合抱，流传着一个令人伤心的爱情故事。
云居寺前有条很宽的河，河水流淌，山门掩映在树影间，这座千年古寺，只有走近了，才能看到它的不凡。
这是一座传奇古寺。