古代陵寝选址和营建关系着墓主的后世安全和国家的命运气脉，所以历代帝后尤为重视陵寝的选址和营建，清朝也不例外。关于陵寝的选址标准，刘毅将其归为地理、风水、政治和礼制四大因素。
具体到清朝陵寝的选址，主要还是受风水和礼制的影响。一方面，清朝受东晋郭璞所撰《葬书》主张“夫葬，以左为青龙、右为白虎、前为朱雀、后为玄武”影响，注重前有朝山、后有龙山、左右砂山以及陵前案山，同时注重陵内河流环绕，邵崇山将其定名为“封闭式空间形态”。
能够做到如此完美风水条件的，清朝陵寝中以顺治帝孝陵和雍正帝泰陵最具代表，这也是清东西陵两个陵区的首陵，其余陵寝多少都存在一些未尽之处。
另一方面，清朝“父子东西分葬”的昭穆制度。清初顺治帝于遵化昌瑞山下卜选陵址，开辟了清东陵陵区，后康熙景陵仍选址于此。而雍正帝即位后另辟陵区，于易县永宁山下营建其陵，从而开辟了清西陵陵区。乾隆帝即位后于东陵胜水峪营建其陵，同时为避免后世选址混乱，确立“父子东西分葬”的昭穆制度。
在这种制度下，乾隆帝为其子嘉庆帝在西陵太平峪选址建陵。道光帝即位后先后于东陵宝华峪和西陵龙泉峪营建陵寝，公然破坏了乾隆帝所定昭穆制度，后咸丰、同治、光绪三帝陵寝也都没能按照此制度继续执行。
徐广源经过考证认为，从咸丰帝开始，帝陵选址均是同时在东、西陵界内进行的，再也不提昭穆之制。然而陵址的最后确认，还是要考虑到风水的好坏。所以风水仍然为陵址选择的决定性因素。与此同时，清帝尤为重视陵寝选址，“圣天子孝治天下，首重山陵。”
陵寝选址主要是皇帝亲卜和派遣相度大臣两种方式，而后者最为普遍。杨珍通过对《啸亭杂录》和《清实录》中的记载，认为顺治帝孝陵陵址的选择是顺治帝亲选，经历了“掷碟定穴”和辅臣陪同卜选确定陵址两个过程。
学界普遍认同顺治帝亲卜陵址的观点。而其它陵寝主要是派遣相度大臣进行寻找，后由风水官绘制风水说贴报至皇帝，由皇帝亲选。相度大臣的身份最高为亲王，最低为侍郎和内阁学士。
这中间比较特殊的，嘉庆帝昌陵陵址是由其父乾隆帝选址的，而同治帝惠陵和光绪帝崇陵的陵址都带有慈禧太后的决定意见，这也是偶然出现的现象。清朝陵寝选址还存在着皇后陵和妃园寝的问题。清陵较之明陵最大的不同，便是皇后陵和妃园寝作为附属伴于帝陵之侧，且靠山与帝陵靠山同为一脉。所以皇后陵和妃园寝的陵址基本上和帝陵陵址相近，同时兼顾风水好坏。