明太祖朱元璋在应天(今南京)称帝，定国号大明，定都南京，开启了明朝的新纪元，洪武三十一年(年)，朱元璋在南京病逝，葬于明孝陵——南京钟山之阳。
明成祖朱棣迁都顺天府(今北京)后，朱元璋被留在南京，建文帝朱允炆在此期间下落不明，所以未葬在帝陵，永乐二十二年(年)，明成祖病逝，葬于北京天寿山主峰南麓的长陵。
在明十三陵中，明长陵居首位，也是其中建筑最大的帝陵。天寿山原名为“黄土山”，永乐五年(年)，朱棣的后妃徐皇后去世，朱棣决定在北京选一处陵址，于是就找来术士来寻宝。
江西术士廖均卿在给明成祖的奏折中称黄土山前有龙虎二山，为吉壤，长陵之流为“门山之拱垣，地户之囚谢”。表明风水中东南方向是地户口，此东北方向称为鬼门，西南部叫人门，西北部叫天门。
朱棣听了，觉得这是一块绝佳的风水宝地，就在这里建了一座陵墓，并把黄土山称为天寿山。此外，廖均卿还因建长陵功勋卓著，被封为钦天监灵台博士。
农民起义领袖李自成于年攻占北京，明末清初皇帝崇祯帝在煤山殉国，明朝正式落幕，清军入关后，以礼将朱由检改葬在明十三陵思陵。明历年，传十六帝，明太祖葬在南京，建文帝不知去向，那么又有谁是未葬于明帝陵的呢？
这就是明朝第七个皇帝——景泰帝朱祁钰，因为土木堡之变，明英宗朱祁镇被俘，嘉靖被推上皇位，当时朱祁钰并不乐意当皇帝，还是于谦等大臣逼迫，无奈为之，结果朱祁钰在皇位上坐热了一把，明英宗又放了一把。
后来明英宗又通过“夺门之变”，再次为帝，朱祁钰被杀，朱祁镇也不承认自己为帝，于是就捣毁景泰帝的陵墓，把朱祁钰作为“王”葬在北京西郊玉泉山。
到年，清皇陵、清西陵、仅清崇陵基本失窃，清西陵于年遭一群身份不明的武装人员偷窃，其余均未失窃，盛京三陵(又称关外三陵)也未失窃，尽管历经数百年，仍未失窃，但有人对十三陵发出警告。
六十五年前，郭沫若、沈雁冰、范文澜、吴晗、邓拓五人联合提出发掘明朝帝陵，当时我国考古还处于起步阶段，对帝陵的发掘缺乏经验，结果导致大量刚刚出土的文物未能及时有效地保护，而又被迅速地风化，令人痛惜。
起初，吴晗是建议对嘉靖皇帝朱厚熜永陵进行考古发掘，但遭到拒绝，后来，吴晗等人想到万历皇帝朱翊钧的定陵，得到批准，从年5月开始，历时一年的考古发掘工作。
定长城是明十三陵三大陵园之一，规模也是完全仿照嘉靖帝永陵，于年时就原址建于定陵博物馆，而定陵出土文物中，最著名的万历皇帝头侧圆盒里有一顶金丝翼善冠，也因为这顶金丝翼善冠的出土，使不少人误以为明朝皇帝在位时，头戴黄金冠。这种说法实际上是错误的，定陵出土的中共七顶头冠，金冠也只有一顶，至于所谓将金冠作为冥器陪葬的说法，目前考古研究，尚无明确定论。
但是，对弈式的定陵发掘工作，最终也被认为是考古史上的一大悲剧，此后，国家便出台相关政策，不再主动发掘帝王陵墓。当时提出发掘明朝帝陵的五个人中，郭沫若声名显赫，曾担任中国科学院哲学和社会科学部主任、历史研究所第一任所长等要职，后来于年6月12日病逝。沈雁冰有笔名茅盾、郎损等，这么说大家都知道他是谁了，茅盾是我国著名作家矛盾已于年3月病逝，矛盾重病不起，临终前付稿费25万元，设立茅盾文学奖。
中国著名历史学家范文澜曾任北大校长蔡元培的私人秘书，定陵发掘工作结束10年后，他在北京逝世。作为我国著名的历史学家、近代明史研究的先驱和奠基者之一的吴晗，被历史剧《海瑞罢官》不公正地对待，入狱自杀。作为我国著名的历史学家、诗人和杂文家的邓拓，在年5月，他也自杀身亡。