明十三陵应该是世界上目前现存规模最大、保存最为完整的帝王墓葬群，一共埋葬了十三位皇帝、二十三位皇后、二位太子、三十余位妃嫔、一位太监。十三个帝陵分别是：长陵（明成祖朱棣）、献陵（明仁宗朱高炽）、景陵（明宣宗朱瞻基）、裕陵（明英宗朱祁镇）、茂陵（明宪宗朱见深）、泰陵（明孝宗朱佑樘）、康陵（明武宗朱厚照）、永陵（明世宗朱厚熜）、昭陵（明穆宗朱载垕）、定陵（明神宗朱翊钧）、庆陵（明光宗朱常洛）、德陵（明熹宗朱由校）、思陵（明毅宗朱由检）。十三陵是明成祖朱棣将都城由南京迁到北京以后，开始在此兴建的明朝皇帝陵寝。
从朱元璋于洪武元年（年）建立大明开始，到崇祯十七年（）崇祯皇帝朱由检吊死在煤山结束，明朝一共经历了十六位皇帝，分别是：明太祖朱元璋、明惠帝朱允炆、明成祖朱棣、明仁宗朱高炽、明宣宗朱瞻基、明英宗朱祁镇、明代宗朱祁钰、明宪宗朱见深、明孝宗朱佑樘、明武宗朱厚照、明世宗朱厚熜、明穆宗朱载垕、明神宗朱翊钧、明光宗朱常洛、明熹宗朱由校、明毅宗朱由检；通过以上皇帝列表和安葬在十三陵的皇帝列表对照，我们可以看到没有葬在十三陵的三位皇帝是:明太祖朱元璋、明惠帝朱允炆和明代宗朱祁钰。
其实，每个朝代的皇帝不一定都会葬在同一个地方，比如河南巩义的北宋皇陵，按说北宋有九位皇帝，可是葬在此处皇陵的也只有七个皇帝，再加一个被追尊的皇帝宋宣祖（赵匡胤父亲），一共也只有八座帝陵，形成了“七帝八陵的局面”，两个没有葬在这里的皇帝，就是被金国俘虏的宋徽宗和宋钦宗。而清代的皇帝也并不是全部都葬在一起的，其帝陵也分为清东陵和清西陵，另外还有现在沈阳的“盛京三陵”:清永陵（努尔哈赤的父、祖、曾祖）、清福陵（努尔哈赤）、清昭陵（皇太极）。所以，明朝的皇帝没有葬在一起也没有什么奇怪的。
三个没有葬在十三陵的皇帝
明太祖朱元璋
洪武元年（年）正月朱元璋在应天府（南京）登上帝位，建立明朝。明洪武十四年（年），朱元璋开始为自己修建陵寝，据说在选址之初，朱元璋让刘基（刘伯温）、徐达、常遇春和汤和等人每人为他选一个陵址，当大家拿出字条时，发现几个人的字条上不约而同都写的是“独龙阜玩珠峰”，就这样，朱元璋决定在南京钟山南麓独龙阜玩珠峰，为自己和马皇后修建陵寝。
朱元璋的陵寝于洪武十四年（年）开始修建，直到明永乐三年（年）才全部建成。早在洪武十五年（年）陵寝的地宫刚刚修建完成时，马皇后就因病去世了，朱元璋将其葬入陵寝，并将陵寝命名为“孝陵”。洪武三十一年（年），明太祖朱元璋去世，就与马皇后合葬在了明孝陵。
明惠帝朱允炆
朱允炆是朱元璋的孙子，也是明朝的第二位皇帝。洪武二十五年（年），其父太子朱标病死，明太祖朱元璋将朱允炆册立为皇太孙。洪武三十一年（年）五月，朱元璋去世后，朱允炆继皇帝位。登基以后，朱允炆力主削藩，想削弱地方藩王的势力，这一下激起了藩王的反抗，建文元年（年）七月，燕王朱棣借机起兵造反，在经过四年的“靖难之役”，最终朱棣攻进了南京，在战乱之中，身为皇帝的朱允炆下落不明，其叔叔朱棣成功的夺取了皇位，也就是明成祖。
据说，当朱棣带兵攻进皇宫时，皇宫四处起了火，当火势被扑灭后在灰烬中发现了几具烧焦的残骸，已经不能辨认，据太监们说是皇帝、皇后和他的长子朱文奎的尸体，朱棣听后痛哭不已说：“傻小子，何苦如此！”意思是说他不是来夺皇位的，只是“清君侧”而已，朱允炆又何必自杀呢？
我认为这种说法并不可信，既然朱棣假模假式地说自己不是造反，那么在朱允炆自焚而死后，最起码朱棣应该给身为皇帝的朱允炆修建个陵寝呀?可是，朱棣并没有给朱允炆修陵，可能朱棣不给朱允炆修陵，就是故意要给人们留下朱允炆只是外逃，并没有死亡的假象，以掩盖他弑君夺位的事实真相。这样一来，当时生死难辨的朱允炆，也就没有陵寝了。
明代宗朱祁钰（景泰帝）
朱祁钰是明英宗朱祁镇的弟弟，按说他是没有机会成为皇帝的，但是，架不住命运的安排。正统十四年（年），朱祁钰的哥哥明英宗朱祁镇被太监王振蛊惑着御驾亲征瓦剌，谁知道，兵力明显占着优势的明英宗，在土木堡被蒙古瓦剌军队大败，明英宗朱祁镇自己也成为了俘虏。当时，外有强敌，如果册立明英宗只有三岁的儿子朱见深为帝，面对强敌虎视眈眈，主少国疑，不利朝廷政局的稳定，在这种情况下，朱祁钰被于谦、王直等大臣推上了帝位。
谁知道，景泰元年（年）八月，在朱祁钰刚当了一年皇帝时，被俘一年的明英宗朱祁镇又被瓦剌给放了回来。朱祁钰为了坐稳皇位，就将哥哥朱祁镇囚禁在南宫之中近八年之久，在此期间，朱祁钰唯一的儿子、被册立为太子的朱见济早夭，后继无人的朱祁钰自己此时又身患重病。景泰八年（年）正月十七日，大臣石亨、徐有贞等人趁朱祁钰重病之际，拥立被囚禁在南宫之中的明英宗朱祁镇成功复辟，再次登上帝位。
天顺元年（年）二月初一，明英宗朱祁镇将朱祁钰废为郕王，他“以其人之道还治其人之身”，将被废的朱祁钰软禁到西内的永安宫，不到一个月，朱祁钰就不明不白的死了。明英宗朱祁镇下诏指斥朱祁钰“不孝、不悌、不仁、不义，秽德彰闻，神人共愤”。并废其帝号，赐谥号为“戾”，称“郕戾王”，表示朱祁钰终身为恶。
明代宗（景泰帝）朱祁钰在继位后，按照帝王的惯例，就准备为他自己修建陵寝，但一直没有选定合适的地点，直到景泰七年（年）二月，景泰帝的皇后杭氏因病去世，朱祁钰就命太监曹吉祥、保定侯梁瑶、工部右侍郎赵荣负责督工，在天寿山（十三陵）选择合适的地方修建陵寝。景泰七年（年）三月，景泰帝的陵寝就在天寿山黄寺岭下正式开工，到了六月十七日，玄宫先期建成，就先将杭氏安葬于陵内，但是，地面建筑还没有修好。
而就在陵寝地面的修建过程中，“夺门之变”发生，明英宗复位成功，这样一来，朱祁钰的陵寝修建工程就彻底停工。这时候，襄王朱瞻墡劝侄子明英宗毁掉朱祁钰修建的陵寝，明英宗本来就对弟弟朱祁钰恨之入骨，听到有人这样建议，就顺水推舟，让工部尚书赵荣带五千官兵将朱祁钰陵寝毁掉了。最后，将朱祁钰以亲王礼葬于西郊金山（玉泉山北）的景泰陵，朱祁钰也成为自明成祖朱棣迁都北京以后，唯一一个没有葬在十三陵的皇帝。
除了明孝陵和十三陵以外的明朝皇陵
其实除了朱元璋的明孝陵和十三陵以外，明朝还有另外几处皇陵，比如位于江苏盱眙洪泽湖西岸的明祖陵、位于安徽凤阳城南的明皇陵、湖北钟祥的明显陵等。
江苏盱眙明祖陵
明祖陵是明太祖朱元璋的高祖朱百六（德祖）、曾祖朱四九（懿祖）的衣冠冢，以及朱元璋祖父朱初一（熙祖）的实际安葬之地，明祖陵也被称为明代第一陵。
洪武元年（年）朱元璋称帝以后，就追尊其高祖、曾祖、祖父和父亲为帝，按照规定需要对其祖上进行祭奠，但是，由于朱元璋祖上贫穷，四处漂泊，他已经找不到其祖陵在哪里了。直到洪武十四年（年），朱元璋的族人朱贵向朱元璋献上了祖陵图，朱元璋才得以知道其祖陵位于古泗州城北的杨家墩。洪武十九年（公元年），朱元璋派太子朱标带人开始修建祖陵。洪武二十二年（公元年）明祖陵修建完成，太子朱标奉德祖、懿祖、熙祖的衣冠葬入祖陵。
安徽凤阳明皇陵
安徽凤阳的明皇陵是明太祖朱元璋为其父母和兄嫂而修建的陵寝。元至正二十六年（年），朱元璋受封吴王，希望光宗耀祖的朱元璋就指派属下汪文等人到他的家乡濠州（今安徽省凤阳县），为其父母修建陵寝，直到洪武十二年（公元年）陵寝修建竣工。明皇陵占地约2万余亩，周长二十八里，陵园内宫阙殿宇，壮丽森严，规制与南京的明孝陵和北京的明十三陵基本相同。
湖北钟祥明孝陵
除了以上几处明朝皇陵以外，在湖北省钟祥市还有一座明显陵，是明世宗（嘉靖皇帝）朱厚熜的父亲朱佑杬、母亲章圣皇太后的合葬墓。按说朱佑杬没有做过皇帝，他的陵墓算不上皇陵，但架不住他有个做皇帝的强势儿子朱厚熜呀！其实，本来朱厚熜也是没有机会做皇帝的，不过，命运却将他推上了皇位，在明武宗朱厚照去世以后，因为他没有子嗣，张太后和首辅杨廷和经过挑选，被封在湖北钟祥的兴献王朱佑杬的儿子朱厚熜，被确定为皇位继承人。
朱厚熜在继位的第六天，就与大臣们讨论给他的亲生父亲兴献王封号，年纪仅17岁的朱厚熜不惜与整个朝廷翻脸，坚持要将其父追尊为皇帝，这也就是著名的“大礼议”之争，最终的结果是明世宗朱厚熜获胜，追尊其父朱佑杬为“恭穆献皇帝”、其母为“章圣皇太后”。在朱厚熜将其父追尊为皇帝后，原本为他修建的献王坟也就要按帝王规制进行升级了。
按照朱厚熜的本意是想将他父亲朱佑杬的陵寝，迁到北京的十三陵安葬的，他安排大臣进行选址，但是，此举遭到了部分大臣的反对，工部尚书赵璜说：“显陵有三个理由不能迁，先皇体魄所安，不可轻犯。一是山川灵秀，不可轻泄；二是皇陵是国家根本所在，不可轻动；三是以太祖（朱元璋）不迁皇陵，太宗（朱棣）不迁孝陵，廖以为法”最终，朱厚熜放弃了将他父亲朱佑杬的陵寝迁到北京的打算。这样一来，在湖北钟祥也就有了一座明朝皇陵。
另外，崇祯帝在煤山上吊自杀以后，明朝的皇室又流落到南方，并且由明朝宗室在南方相继建立了一个政权，历史上被称为“南明”，断断续续也存在了十八年，曾有六位朱氏子孙被拥立帝，不过南明政权在历史上基本上算是一个没有被正式承认的政权。南明政权也遗留有几处皇陵，比如：位于河南省孟津县明恭宗（福忠王）朱常洵的熙陵、在广西梧州的礼宗朱常瀛的兴陵、贵州都匀高塘山昭宗朱由榔的永历陵等。