年11月14日，38岁的光绪帝带着满身的病痛和不甘在紫禁城驾崩，随之而去的还有他一直想做却未能成功的“变化图强”之理想。时隔22小时后，73岁的慈禧也一命呜呼。一时间“慈禧毒死光绪帝”的传闻席卷了京城上下，成为清朝末期的一桩悬案。而这场迫害的主因则源自“戊戌事变”事件。
光绪帝年11月2日，在经过了一个世纪后，真相终于大白于天下：经中国原子能科学研究院、清西陵文物处等单位专家组成的“清光绪帝死因”专题研究课题组历时5年，采用“中子活化”、“X射线荧光分析”等一系列高科技手段，最终得出光绪帝系砒霜中毒而死的结论。这桩清末历史悬案得到了破解，慈禧毒死光绪帝成为证据确凿的铁案。
时间回溯到年，这一年年初的光绪尽管依然无权无钱，但生命依然有保障。不过，随着康有为的“公车上书”，指出国家形势迫在眉睫，再不变法，大清就有可能要亡国，到时候作为皇上连老百姓都做不成了。光绪帝看到上书，心里也很着急，后来几次召见康有为，商谈变革图强之事，并决意变法，说自己绝不做亡国之君。随后他壮着胆子去到慈禧那里请旨，希望说动慈禧能够同意变法。
光绪帝与康有为和梁启超合影初期，名义上已经退休的慈禧同意了变法，让光绪帝酌情而定，并给予了一部分决断变法事宜的事权。从6月11日开始，光绪帝便颁布了《明定国是》诏书，变法开始。不过几天后，慈禧就逼迫光绪帝连发了三道圣谕，将国家的人事控制权和军事大权牢牢控制在了她的手中，为后来变法失败埋下了引线。光绪帝此后三月里虽然颁布了很多道圣旨，据称达百道之多，但因为各地大臣都是慈禧太后的人，光绪帝下发的诏书根本无人执行，被束之高阁，变法推进甚为艰难。光绪任命的和提拨的变法人员均得不到实权，也无法理事，变法实际上从一开始就没有被真正执行过。
康有为《四朝佚闻》记载，光绪帝摄于太后的积威，见到太后时就浑身筛糠，胆战心惊，虽然自己已经亲政，但事事均不敢擅自做主。戊戌变法期间，也是事事都要向太后禀报，每次不合慈禧之意时，慈禧都要求光绪下诏改正，并对光绪进行训斥，称为“训政”。由此可见，变法只不过是光绪帝的一厢情愿，没有权力的光绪帝一旦触及慈禧以及朝廷其他人的利益，只有任人宰割和遭受慈禧等人迫害，变法根本不可能成功。
变法期间，光绪帝也曾召见多位变法的臣子，如康有为、梁启超、谭嗣同、杨锐、刘光第等，当面谈论变法救国之举措。在召见康有为时，康详细介绍了西方各国发展的情况，尤其是对于西方实行的民主政治体制更为推崇。光绪帝听得非常仔细认真，连说“落伍了、落伍了”。末了，他端坐在龙椅上，两眼盯着大殿的天花板，良久无语，看得出他内心充满了矛盾。
康有为9月21日，在保守派大臣杨崇伊再次递上奏请慈禧太后主持朝政，以免光绪帝贻误朝政的密折后，慈禧瞬间爆发，不顾路途遥远，突然坐着轿子走了几十里从颐和园赶到紫禁城，在光绪皇帝的寝宫声色俱厉地夺去了光绪的所有事权，发布了训政诏书，临朝“训政”。
随后指使太监李莲英将光绪帝囚在了中南海瀛台，杖毙了其亲信太监，并到处散发光绪病危的消息，为进一步谋害光绪做准备。但在当时各国公使以及社会舆论的反对下慈禧只好作罢。戊戌变法由此失败，而后来史学家提出的“戊戌政变”实际上仅仅是“戊戌事变”，被慈禧收回了此前她下发给光绪的事权而已。
大太监李莲英此后几天，慈禧大开杀戒，先后逮捕了谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第和康广仁等变法人士。临刑前，谭嗣同留下一首“我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑”的悲壮诗句，依然慷慨就义，与其他五人一起被杀害于北京菜市口，史称“戊戌六君子”事件。
戊戌六君子戊戌变法的主要人物康有为和梁启超则在得知变法失败的内情后立即逃走日本，抓不到康有为的慈禧下令将其祖坟铲平以泄心头之狠。此后康有为则多有让人诟病之处，帮袁世凯复辟称帝，反对共和，成为保皇派。
而随着史料的越来越丰富，康有为被人拔出种种的人品问题，晚年他竟然娶了好几个老婆，吃香喝辣，还谎称手中有光绪皇帝的“衣带诏”接受海外捐款，由此表明他道德并不高尚，非“圣人”。即使在“戊戌变法”时他的思想其实也并非变法中的唯一主导思想。甚至连梁启超所写的《戊戌政变记》都有夸大不实之处。晚年的梁启超也公开承认：《戊戌政变记》是“有事虽非伪，而言之过当者”。认为无论是什么史料，其中夸大之处都免不了，自己二十年前写的戊戌事件记述，后来都认为是研究戊戌事件的宝贵资料。但是我自己也不得不承认，其中确实有夸大之处。
康有为和梁启超戊戌变法失败后的光绪10年中除了跟着慈禧西逃外，再也未能出瀛台一步，也未能再踏进太和殿。年11月14日，慈禧死前怕他复出掌权，命令太监李莲英在光绪帝饭菜中下了大量砒霜而致其中毒身亡，结束了他作为傀儡皇帝的一生，彻底解脱了。