朱元璋与马皇后的合葬陵寝之所以被称为孝陵，有两种说法，一种说法是朱元璋奉行孝治天下，另一种说法是马皇后的谥号为“孝慈”。
明孝陵位于紫金山南麓，始建于洪武九年，由中军都督府佥事李新主持营建。
汉朝时，风水先生认为此山乃“（金陵）王气所钟”，因此，紫金山又被称为钟山。
帝师刘伯温谙熟风水堪舆之术，朱元璋带着刘伯温、徐达、汤和一起勘察，“左青龙，右白虎，前朱雀，后玄武”，朱元璋选定了这块风水宝地。
陵区内南朝七十多所寺院被悉数迁出。
孙权墓位于独龙阜南边的梅花山，李新请旨迁出，朱元璋没有同意，因此仅将石麒麟迁走。
以前，帝王陵寝前的神道都是笔直地。
为了保全孙权墓，明孝陵前的神道随地形变化设计成曲折幽深的S形，整个陵区按中轴对称的形式设计，呈前朝后寝的三进院落布局，具服殿、享殿、方城、明楼、宝城等建筑物坐落于南北中轴线上。
第一进院落是祭祀准备区，以具服殿为中心。
第二进院落是祭祀区，以享殿为中心。
第三进院落是陵寝区，前面有方城、明楼，后面是地宫，上面的圆形大土丘，围绕在周围的砖墙称为宝城。
洪武十五年，孝陵基本建成，当年马皇后去世，安葬于此。
此后，明清帝王的陵墓沿用了明孝陵的这种布局，如明十三陵、清东陵、清西陵。明孝陵被称为“明清皇家第一陵”。
李新因设计、督建之功被封为崇山侯。